Sin embargo, su excavación más notable hasta la fecha es el descubrimiento de la antigua ciudad portuaria sumergida de Thonis Heracleion y partes de la ciudad de Canopus en la Bahía de Aboukir cerca de Alejandría, Egipto. En colaboración con el Ministerio de Antigüedades de Egipto, Goddio y su equipo han recuperado artefactos extraordinarios del lecho marino, arrojando luz sobre el significado histórico y la grandeza de estas ciudades perdidas.

Antes de su descubrimiento en 2000, no se había encontrado ningún rastro de Thonis-Heracleion.

Según franckgoddio.org, se encontró una pared del templo de casi quinientos pies de largo, así como una placa de oro inscrita con letras griegas que significa que el rey Ptolomeo III había erigido un templo dedicado a Heracles.

Se trajeron tres enormes estatuas hechas de granito rosa que representaban a un rey, una reina y Hapy, el dios de la fertilidad y la abundancia, y después de examinarlas, las estatuas medían más de dieciséis pies de alto y pesaban más de cinco toneladas.

Se encontraron estelas (pilares altos o tablillas con inscripciones que generalmente indicaban direcciones, noticias de un decreto del faraón u odas a los dioses) también hechas de granito rosa con escritos tanto griegos como egipcios que atestiguan la idea de que los dos países compartían ideologías así como comercio.

Una estela de granito negro ordenada por el faraón Nectanebo I alrededor del 360 a. C. fue sacada a la superficie y se descubrió que era casi idéntica a la estela de Naukratis en el Museo Egipcio de El Cairo.

Se encontraron varias columnas dóricas de un templo griego y monedas, incluida una bizantina de oro del siglo IV, otra de bronce también del siglo IV, junto con un pendiente bizantino.

También se trajeron pesas de plomo y bronce para medir los bienes para los impuestos y se encontró una estatua de piedra oscura de una mujer que vestía la túnica de la diosa Isis hasta el cuello en el cieno que posiblemente era Cleopatra, ya que se identificaba tan de cerca con Isis.

Además, en el fondo del mar se descubrieron cientos de pequeñas estatuillas de dioses y faraones, amuletos, fragmentos de cerámica y pequeñas embarcaciones.

Antes de que Alejandría se convirtiera en el centro del comercio en el área del Mediterráneo en el 331 a.C., Thonis-Heracleion era un bullicioso puerto en la desembocadura del río Nilo, donde se encuentra con el mar Mediterráneo, así como la ubicación de un importante templo, el Gran Templo de Amón de Gereb.

La ciudad alcanzó su apogeo en los siglos VI al IV a.C. Hay poca información sobre las ciudades antiguas aparte de los escritos del historiador griego Heródoto, que vivió durante el siglo V a.

El número de naufragios encontrados, hasta el momento en sesenta, y setecientas anclas que datan de los siglos VI al II a. C., nos dice que el puerto era económicamente importante debido a la recaudación de impuestos y derechos de aduana de los barcos extranjeros, según el ieasm.institute.

La composición del área mediterránea y su actividad volcánica es bien conocida, no solo con volcanes sobre el suelo, sino también con muchos que se formaron bajo el agua. La actividad sísmica, al igual que los terremotos que derribaron el faro de Alejandría, fueron responsables del hundimiento de Thônis-Héracléion.

La licuefacción del suelo crea bolsas que, si se presionan con el peso de las pesadas estatuas y edificios de granito, permiten que broten bolsas de agua que bajan el nivel de la tierra.

Entre la actividad sísmica y los tsunamis que casi siempre la siguen, la ciudad fue cayendo al mar gradualmente hasta finales del siglo VIII d.C. cuando lo último cayó bajo las olas.